El Patronato Universitario se compone por seis miembros, quienes son electos por mayoría de votos de los integrantes de la Junta de Gobierno. Los candidatos son propuestos por el gobernador del estado a través de ternas integradas con ciudadanos de cada uno de los municipios de la entidad. Los nuevos miembros del Patronato durarán seis años en el desempeño de su cargo, podrán ser reelectos y no percibirán por este concepto retribución, ni recompensa económica.

Para formar parte del Patronato Universitario se requiere:

1. Ser mexicano por nacimiento o naturalización.
2. Haber residido en el estado por lo menos 10 años.
3. Ser mayor de 35 años de edad y menor de 70 años.
4. Tener experiencia en asuntos financieros o de administración.
5. Gozar de estimación como personas prudentes.

Los miembros del Patronato elegirán entre sí a un presidente, un secretario y los vocales definidos en su Reglamento Interno.

Una vez que la Junta de Gobierno de la Universidad Autónoma de Baja California en su sesión especial del 20 de mayo de 2021, designó a un miembro del Patronato por cada uno de los municipios de la entidad, el día 2 de junio 2021 los miembros electos del Patronato Universitario por el periodo 2021-2027 rindieron protesta ante el rector Dr. Daniel Octavio Valdez Delgadillo. Además el mismo día los miembros electos sesionaron entre sí de acuerdo a su Reglamento Interno y decidieron los cargos que enseguida se mencionan:

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